Étape 1: Fournir les données

• Les données ne doivent être fournies que pour une substance chimique à la fois.
• Une seule valeur doit être entrée par espèce.
• L’ensemble des données doit former au moins 1 colonne comportant au minimum 8 concentrations distinctes et positives.
• Des colonnes pour les espèces et les groupes taxonomiques peuvent également être ajoutées. Des étiquettes et des couleurs sont alors disponibles pour permettre leur identification dans le graphique.

  Concentration	Espèce	Groupe
  2.1	Oncorhynchus mykiss	Poisson
  2.4	Ictalurus punctatus	Poisson
  4.1	Micropterus salmoides	Poisson
  10.0	Brachydanio rerio	Poisson
  15.6	Carassius auratus	Poisson
  18.3	Pimephales promelas	Poisson
  6.0	Daphnia magna	Invertébré
  10.0	Opercularia bimarginata	Invertébré

• Des colonnes additionnelles sont possibles mais ne sont pas reliées à aucune fonction.

Trois options sont possibles pour déposer les données dans l’application:

1. Utiliser les données démo du Bore.
   • Permet de connaitre rapidement les fonctions de l’application avec un ensemble «fonctionnel» de données.
2. Télécharger un fichier .csv.
   • Le format Excel n’est pas accepté. Si vous avez un fichier Excel, il faut l’exporter dans une feuille de calcul .csv.
3. Remplir le tableau interactif.
   • Cliquer sur une cellule pour commencer à rentrer les données. Faire un clic-droit pour ajouter ou supprimer des colonnes ou des rangées. Le nom des colonnes ne peut pas être modifiés.

Enfin, visualiser les données fournies dans le tableau à droite de l’onglet.

Données fournies dans le tableau 1. Données

Étape 2: Estimations des distributions

1. Spécifier quelle est la colonne qui contient les concentrations.
2. Sélectionner (ou désélectionner) les distributions. La fonction peut prendre quelques secondes pour se mettre à jour.
3. Mise en forme le graphique en cliquant sur l’option. Télécharger le graphique et le tableau des degrés d’ajustement dans un fichier .png et .csv, respectivement.
   

Ajustement des distributions apparaissant au tableau 2. Estimation

Information additionnelle sur le tableau des degrés d’ajustement: Les colonnes du tableau des degrés d’ajustement sont la distribution (dist), la statistique d’Anderson-Darling (ad), la statistique de Kolmogorov-Smirnov (ks), la statistique de Cramer-von-Mises (cmv), le critère d’information Akaike (aic), le critère d’information Akaike corrigé pour la taille de l’échantillon (aicc), le critère d’information Bayésien (bic), la différence AICc (delta) et le coefficient AICc basé sur le poids Akaike (weight). L’estimation de la fonction de distribution finale (modèle agrégé) est basée sur l’inférence multimodèle (à partir de l’ aicc). La concentration du -centile limite (ex. HC5) est la concentration estimée d’une substance affectant ce -centile (ex. 5%) de l’ensemble des espèces.

Étape 3: Estimation de la concentration limite

1. Sélectionner le seuil (%) des espèces affectées pour calculer l’estimation de la concentration limite. Cela s’ajuste sur le graphique (ligne pointillée), dans le texte en dessous et dans le calcul de l’intervalle de confiance.
2. Sélectionner le nombre de simulations bootstrap pour le calcul de l’intervalle de condiance. Il est recommandé d’utiliser 10 000 simulations. Le calcul prendra environ 3 minutes. Sélectionner un nombre moindre de simulations bootstrap pour obtenir un temps de calcul plus court.
   

   Nombre de simulation Bootstrap	Temps de calcul estimé
   10000	3 minutes
   5000	1.5 minutes
   1000	15 secondes
   500	10 secondes

3. Les intervalles de confiance ne sont pas calculés automatiquement car cela prend un certain temps. Il faut cliquer sur le Get CL bouton.
4. Le graphique peut être modifié de diverses façons. Le graphique et le tableau sont téléchargés dans un fichier .png et .csv, respectivement.
   • Si l’étiquette des espèces n’est pas entièrement visible sur le graphique, ajuster l’axe des X et la position des étiquettes en utilisant la fonction étiquette ‘X-axis max’ et ‘Adjust label’.
   • L’éventail de couleurs provient de ColorBrewer.
   • Si vous utilisez la même variable pour la couleur et la forme, fournir le même titre de légende permettra de combiner les deux en une seule légende.

Éventail de couleurs ColorBrewer

Obtenir les intervalles de confiance et estimation de la concentration de risque (Ex. HC5)

Étape 4: obtenir le code R

Copier le code R pour reproduire la programmation. Le code est ajouté après chaque exécution dans l’application. (par exemple : le code qui génère l’estimation des intervalles de confiance apparaitra après que Obtenir CL aura été cliqué.

Obtenir le code R pour reproduire la programmation dans